scholarly journals The 78,000 M(r) intermediate chain of Chlamydomonas outer arm dynein isa WD-repeat protein required for arm assembly.

1995 ◽  
Vol 129 (1) ◽  
pp. 169-178 ◽  
Author(s):  
C G Wilkerson ◽  
S M King ◽  
A Koutoulis ◽  
G J Pazour ◽  
G B Witman

We have isolated and sequenced a full-length cDNA clone encoding the 78,000 Mr intermediate chain (IC78) of the Chlamydomonas outer arm dynein. This protein previously was shown to be located at the base of the solubilized dynein particle and to interact with alpha tubulin in situ, suggesting that it may be involved in binding the outer arm to the doublet microtubule. The sequence predicts a polypeptide of 683 amino acids having a mass of 76.5 kD. Sequence comparison indicates that IC78 is homologous to the 69,000 M(r) intermediate chain (IC69) of Chlamydomonas outer arm dynein and to the 74,000 M(r) intermediate chain (IC74) of cytoplasmic dynein. The similarity between the chains is greatest in their COOH-terminal halves; the NH(2)-terminal halves are highly divergent. The COOH-terminal half of IC78 contains six short imperfect repeats, termed WD repeats, that are thought to be involved in protein-protein interactions. Although not previously reported, these repeated elements also are present in IC69 and IC74. Using the IC78 cDNA as a probe, we screened a group of slow-swimming insertional mutants and identified one which has a large insertion in the IC78 gene and seven in which the IC78 gene is completely deleted. Electron microscopy of three of these IC78 mutants revealed that each is missing the outer arm, indicating that IC78 is essential for arm assembly or attachment to the outer doublet. Restriction fragment length polymorphism mapping places the IC78 gene on the left arm of chromosome XII/XIII, at or near the mutation oda9, which also causes loss of the outer arm. Mutants with defects in the IC78 gene do not complement the oda9 mutation in stable diploids, strongly suggesting that ODA9 is the structural gene for IC78.

Genome ◽  
2001 ◽  
Vol 44 (3) ◽  
pp. 401-412 ◽  
Author(s):  
X -F. Ma ◽  
K Ross ◽  
J P Gustafson

Using wheat ditelosomic lines and in situ hybridization of biotin-labelled DNA probes, 18 restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers were physically located on homoeologous groups 1 and 3 chromosomes of wheat. Most of the markers hybridized to chromosome arms in a physical order concordant with the genetic maps. A majority of the markers studied were clustered in non-C-banded, distal euchromatic areas, indicating the presence of recombination hot spots and cold spots in those regions. However, on 1BS the markers were well dispersed, which could be due to the abundance of heterochromatin throughout the arm. An inversion between Xpsr653 and Xpsr953 was observed on 1AL. One new Xpsr688 locus, approximately 20–26% from the centromere, was found on 1AS and 1BS. The physical location of Xpsr170 on group 3 chromosomes probably represents an alternative to the loci on the genetic map. Finally, Xpsr313 was mapped to two physical loci on 1DL. Five markers were located to bins consistent with the deletion-based physical maps.Key words: wheat, physical mapping, in situ hybridization.


1998 ◽  
Vol 23 (1) ◽  
pp. 9-15 ◽  
Author(s):  
Seishi Maeda ◽  
Sang-Yoon Nam ◽  
Masahiko Fujisawa ◽  
Nobuaki Nakamuta ◽  
Kenji Ogawa ◽  
...  

Genome ◽  
2001 ◽  
Vol 44 (2) ◽  
pp. 242-248 ◽  
Author(s):  
Seliina Päällysaho ◽  
Susanna Huttunen ◽  
Anneli Hoikkala

We have identified six restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers based on unique gene sequences on the X chromosome of Drosophila virilis and D. littoralis. The markers were localized by in situ hybridization on larval polytene chromosomes, and the conjugation of the X chromosomes of the two species was studied in salivary glands of interspecific hybrid female larvae. The gene arrangement of D. virilis and D. littoralis appeared to be very different at the proximal end of the X chromosome preventing recombination between RFLP markers located in this area. Simple quantitative trait loci (QTL) analysis showed that five of our marker genes (including nonA and Dmca1A, previously found to affect male courtship song in D. melanogaster) are linked with a gene(s) having a major effect on species differences in the male courtship song between D. virilis and D. littoralis. This shows that the song gene(s) may be located inside a large X-chromosomal inversion in D. littoralis (as previously suggested), but that it may also be located on an area between this inversion and the centromere, close to nonA and Dmca1A. Localization of this gene or gene complex will be continued with the aid of our newly identified RFLP markers by making interspecific crosses between D. virilis group species with more similar X chromosomes.Key words: restriction fragment length polymorphism (RFLP), in situ hybridization, Drosophila virilis.


2011 ◽  
Vol 132 (2) ◽  
pp. 463-470 ◽  
Author(s):  
Melanie Spears ◽  
Karen J. Taylor ◽  
Alison F. Munro ◽  
Carrie A. Cunningham ◽  
Elizabeth A. Mallon ◽  
...  

2004 ◽  
Author(s):  
Νικόλαος Καστρινάκης

Η διεθνής βιβλιογραφία που αφορά τη συμμετοχή του ιού του ανθρωπίνου θηλώματος (human papillomavirus ή HPV) και των ανθρωπίνων ερπητοϊών (human herpesviruses ή HHVs) στην αιτιοπαθογένεση του καρκίνου της στοματοφαρυγγικής κοιλότητας (σ.κ.) διέπεται από αντικρουόμενα αποτελέσματα. Η παρατηρούμενη ασυμφωνία στη συχνότητα ιικής ανίχνευσης μεταξύ των διαφόρων μελετών οφείλεται πιθανότατα στην κυμαινόμενη ευαισθησία των εφαρμοζόμενων μεθόδων και στα ιδιαίτερα επιδημιολογικά χαρακτηριστικά των εξεταζόμενων πληθυσμών. Προκειμένου να αξιολογήσουμε το ρόλο των ιικών λοιμώξεων στην καρκινογένεση της σ.κ. αναλύσαμε πενήντα τρεις (53) “εν δυνάμει καρκινικές” και καρκινικές αλλοιώσεις αποτελούμενες από 29 υπερπλασίες, 5 δυσπλασίες και 19 πλακώδη καρκινώματα (squamous cell carcinomas ή SqCCs), σε αντιπαραβολή με 25 στοματικά επιχρίσματα υγιών μαρτύρων, μέσω μεθοδολογίας υψηλής ευαισθησίας βασισμένης στην αλυσιδωτή αντίδραση της πολυμεράσης (PCR). Επιπλέον, για τη διευκρίνιση επιμέρους ερευνητικών ζητημάτων χρησιμοποιήθηκαν οι τεχνικές της ειδικής για κάθε ιικό τύπο (type-specific ή TS) PCR, της ανάλυσης πολυμορφισμών κλασμάτων DNA (restriction fragment length polymorphism ή RFLP), του στυπώματος σε κηλίδα (dot blotting), του μη ραδιενεργού in situ υβριδισμού και της ανοσοϊστοχημείας. Η παρουσία του γενώματος του HPV ταυτοποιήθηκε σε 48 (91%) παθολογικά δείγματα έναντι 2 (8%) υγιών μαρτύρων (γκΟ,ΟΟΙ) μέσω ανάλυσης ενισχυμένης (nested) PCR. Πρόκειται για το υψηλότερο ποσοστό μόλυνσης αλλοιώσεων της σ.κ. από HPV που έχει καταγραφεί μέχρι σήμερα. Η θετικότητα για τον ιό ήταν ανεξάρτητη της ιστολογικής διάγνωσης και των καπνιστικών συνηθειών των ασθενών. Τουλάχιστον ένας τύπος υψηλού κινδύνου (“high risk”), όπως οι HPV16, 18 και 33, εντοπίστηκε σε 47 (98%) μολυσμένα δείγματα μέσω TS-PCR, ενώ μόνο 1 (2%) SqCC εμφάνισε απλή μόλυνση από τύπο χαμηλού κινδύνου (“low risk”), τον HPV6. Ο HPV16 ήταν ο κυρίαρχος ιικός τύπος, με την παρουσία του να ταυτοποιείται στο 71% των θετικών περιπτώσεων. Οι απλές μολύνσεις από HPV16 και 18 επιβεβαιώθηκαν μέσω RFLPs. Αξιοσημείωτη είναι η παρουσία του HPV58, στελέχους υψηλής ογκογενετικής ικανότητας, σε τρεις (3) υπερπλαστικές βλάβες βάσει των αποτελεσμάτων του στυπώματος σε κηλίδα. Το πρότυπο μόλυνσης στις θετικές αλλοιώσεις διερευνήθηκε μέσω in situ υβριδισμού. Διάχυτο σήμα (τύπου 1), ενδεικτικό επισωματικής λοίμωξης, και στικτό σήμα (τύπου 2), αντιπροσωπευτικό ιικής ενσωμάτωσης στο γένωμα του ξενιστή, παρατηρήθηκαν σε περιστατικά φέροντα τύπους χαμηλής και υψηλής επικινδυνότητας, αντίστοιχα. Τα ανωτέρω ευρήματα υποστηρίζουν την πρώιμη συμμετοχή “high risk” HPV στελεχών στην καρκινογένεση της σ.κ. Όσον αφορά τη μελέτη των HHVs, η ανάλυση PCR ανέδειξε την παρουσία ερπητικών γενωμικών αλληλουχιών σε 30 (57%) παθολογικά υλικά έναντι 8 (32%) φυσιολογικών μαρτύρων (ρ=0,042). Με εξαίρεση την παρουσία του ιού Epstein- Barr (HHV4), δεν ανιχνεύθηκε συσχέτιση μεταξύ της συχνότητας ανίχνευσης ερπητοϊών και της ιστολογικής εικόνας ή των λοιπών κλινικοπαθολογικών παραμέτρων της ομάδας ασθενών. To DNA του HHV4 ταυτοποιήθηκε σε έντεκα (21%) αλλοιώσεις έναντι μόλις ενός (4%) φυσιολογικού μάρτυρα (γ>=0,056), διαφορά ενδεικτική “τάσης” συμμετοχής του ιού στις νεοεπεξεργασίες της σ.κ. Παράλληλα, παρατηρήθηκε βαθμιαία αύξηση, παρότι μη σημαντική, στο ποσοστό μόλυνσης από HHV4 κατά τη μετάβαση από την υπερπλασία στο SqCC. Ο τύπος της λοίμωξης διαπιστώθηκε μέσω ανοσοϊστοχημικής ανάλυσης των θετικών αλλοιώσεων για τις πρωτεΐνες LMP-1 και BZLF-1 της λανθάνουσας και πρώιμης παραγωγικής φάσης του ιού, αντίστοιχα. Η στατιστική επεξεργασία των αποτελεσμάτων • κατέδειξε μία σημαντική επαγωγή της επιθηλιακής έκφρασης της ογκοπρωτεΐνης LMP-1 στις προκαρκινικές (δυσπλαστικές) και καρκινικές αλλοιώσεις σε σχέση με τις “εν δυνάμει καρκινικές” (υπερπλαστικές) βλάβες (ρ=0,004), αποτέλεσμα που συνηγορεί υπέρ του ενεργού ρόλου του ιού στην καρκινογένεση. Επιπλέον, η συνέκφραση των 2 ιικών πρωτεϊνών στις καρκινικές βλάστες των SqCCs υποδηλώνει την απουσία διακριτών “λανθανόντων” και “λυτικών” νεοπλασματικών κυτταρικών πληθυσμών. Αναφοράς χρήζει και η συχνότερη παρουσία του ιού του επιχειλίου έρπητα (HHV1) στα φυσιολογικά επιχρίσματα έναντι των παθολογικών υλικών, ενδεικτική του υψηλού επιπολασμού του ιού στο γενικό πληθυσμό, καθώς και η πλήρης απουσία γενωμικών αλληλουχιών του ιού της ανεμοβλογιάς (HHV3), του κυτταρομεγαλοϊού (HHV5) και του έρπητα 7 (HHV7) από τους υγιείς μάρτυρες. Τέλος, η μόλυνση της σ.κ. από τον ιό του σαρκώματος Kaposi (HHV8) φαίνεται να αποτελεί, στον υπό ανάλυση πληθυσμό, συνηθέστερο γεγονός από ότι βιβλιογραφικά αναφέρεται. Συνολικά, ιική λοίμωξη αποκαλύφθηκε στο σύνολο (100%) των αλλοιώσεων έναντι μόλις 36% των μαρτύρων (γ?<0,001), εύρημα που σε συνδυασμό με τις σημειωθείσες συμμολύνσεις, με επικρατέστερες αυτές μεταξύ HPV/HHV1-2, HPV/HHV4 και HPV/HHV8, υποστηρίζει τη συμμετοχή και πιθανή συνέργεια των εμπλεκόμενων ιών στις νεοεπεξεργασίες της σ.κ.


2021 ◽  
Vol 5 (4) ◽  
pp. 51
Author(s):  
Amélie Banc ◽  
Laurence Navailles ◽  
Jacques Leng ◽  
Denis Renard

The binary phase diagram of γ-gliadin, a wheat storage protein, in water was explored thanks to the microevaporator, an original PDMS microfluidic device. This protein, usually qualified as insoluble in aqueous environments, displayed a partial solubility in water. Two liquid phases, a very dilute and a dense phase, were identified after a few hours of accumulation time in the microevaporator. This liquid–liquid phase separation (LLPS) was further characterized through in situ micro-Raman spectroscopy of the dilute and dense protein phases. Micro-Raman spectroscopy showed a specific orientation of phenylalanine residues perpendicular to the PDMS surfaces only for the diluted phase. This orientation was ascribed to the protein adsorption at interfaces, which would act as nuclei for the growth of dense phase in bulk. This study, thanks to the use of both aqueous solvent and a microevaporator, would provide some evidence for a possible physicochemical origin of the gliadin assembly in the endoplasmic reticulum of albumen cells, leading to the formation of dense phases called protein bodies. The microfluidic tool could be used also in food science to probe protein–protein interactions in order to build up phase diagrams.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document