scholarly journals Απομόνωση και καθορισμός του γενότυπου αντοχής Gram-αρνητικών βακτηρίων από ωτίτιδα σκύλου ανθεκτικών στα νεότερα β-λακταμικά αντιμικροβιακά και τις φθοριοκινολόνες

2014 ◽  
Author(s):  
Ελπίδα Βιγγοπούλου
Keyword(s):  
Gel Electrophoresis ◽  
Multilocus Sequence Typing ◽  
Pulsed Field Gel Electrophoresis ◽  
Pulsed Field ◽  
E Coli

Σκοπός της διατριβής ήταν η απομόνωση Gram-αρνητικών στελεχών από περιστατικά ωτίτιδας στο σκύλο ανθεκτικών σε ευρέος φάσματος αντιμικροβιακά, συγκεκριμένα στις φθοριοκινολόνες και στα νεότερα β-λακταμικά αντιμικροβιακά, η διερεύνηση και ο καθορισμός του γενότυπου αντοχής τους με κύριο στόχο τη μελέτη του επιπολασμού και της διασποράς των γενετικών τους στοιχείων αντοχής. Όλα τα Gram-αρνητικά στελέχη που απομονώνονταν εξετάζονταν καταρχήν με τη μέθοδο Kirby-Bauer ως προς την αντοχή τους στο ναλιδιξικό οξύ, στις φθοριοκιονολόνες (σιπροφλοξακίνη, ενροφλοξακίνη, μαρμποφλοξακίνη και πραδοφλοξακίνη), στα β-λακταμικά αντιμικροβιακά (αμπικιλλίνη, αμοξυκιλλίνη-κλαβουλανικό οξύ, πιπερακιλλίνη-ταζομπακτάμη, κεφοξιτίνη, κεφουροξίμη, κεφταζιδίμη, κεφοπεραζόνη, κεφτριαξόνη, κεφοταξίμη, κεφεπίμη, αζτρεονάμη, ιμιπενέμη και μεροπενέμη) και σε άλλα αντιμικροβιακά σύμφωνα με τις συστάσεις του CLSI και του EUCAST. Ακολούθως, σε όλα τα ωτικά στελέχη προσδιορίστηκε η ελάχιστη ανασταλτική συγκέντρωση (MIC) του ναλιδιξικού οξέος και των φθοριοκινολονών, σιπροφλοξακίνη, ενροφλοξακίνη, μαρμποφλοξακίνη και πραδοφλοξακίνη με τη μέθοδο των διαδοχικών μικροαραιώσεων. Επιπλέον, σε επιλεγμένα στελέχη της Ε. coli υπολογίστηκε η MIC των φθοριοκινολονών, παρουσία ενός αναστολέα αντλίας εκροής, με σκοπό τον καθορισμό της υπερέκφρασης της αντλίας εκροής. Όλα τα στελέχη που απομονώθηκαν εξετάστηκαν με τεχνικές της PCR για την ανίχνευση των PMQR γονιδίων. Ακολούθως, όλα τα στελέχη που εμφάνιζαν αντοχή σε όλες τις φθοριοκινολόνες που εξετάστηκαν ή αντοχή μόνο σε μία φθοριοκινολόνη ή που έφεραν PMQR γονίδιο(α), εξετάστηκαν με τεχνικές της PCR, για την ενίσχυση τμημάτων των γονιδίων, συμπεριλαμβανομένης της QRDR περιοχής, για την ανίχνευση των μεταλλάξεων στα ένζυμα στόχους (DNA γυράση και τοποϊσομεράση IV) των φθοριοκινολονών. Επιπρόσθετα, ανιχνεύτηκαν και χαρακτηρίστηκαν οι μηχανισμοί αντοχής στις εκτεταμένου φάσματος κεφαλοσπορίνες σε τρία κλινικά στελέχη και σε επτά στελέχη κοπράνων της E. coli που παρουσίαζαν πολυανθεκτικότητα και τα οποία είχαν απομονωθεί από σκύλο που έπασχε από υποτροπιάζουσα ωτίτιδα και στον οποίο είχαν χορηγηθεί φθοριοκινολόνες και αναστολέας των β-λακταμών με αποτέλεσμα να αποικιστεί για μεγάλο χρονικό διάστημα. Ο προσδιορισμός της MIC έγινε με τη μέθοδο των διαδοχικών μικροαραιώσεων. Η φαινοτυπική ανίχνευση της παραγωγής των β-λακταμασών διενεργήθηκε με τη δοκιμή συνέργειας του διπλού δίσκου, τη δοκιμή των τριών-διαστάσεων, τη δοκιμή βορονικού οξέος και με την αναλυτική ισοηλεκτρική εστίαση. Όλα τα στελέχη της E. coli εξετάστηκαν με τεχνικές της PCR με σκοπό την ανίχνευση των γονιδίων που κωδικοποιούν AmpCs και ESBLs. Η μεταβίβαση των bla γονιδίων μέσω πλασμιδίων μελετήθηκε με την εφαρμογή πειραμάτων σύζευξης. Η ταυτοποίηση των πλασμιδίων έγινε με τις μεθόδους PCR-based-replicon-typing, S1-νουκλεάση-PFGE και plasmid-multilocus sequence typing. Το γενετικό περιβάλλον των bla γονιδίων καθορίστηκε με PCR χαρτογράφηση. Ο προσδιορισμός της γενετικής σχέσης των στελεχών της E. coli έγινε με τις μεθόδους multilocus sequence typing, ERIC2 PCR και Pulsed Field Gel Electrophoresis. Επιπλέον, αναλύθηκαν οι μηχανισμοί αντοχής στις εκτεταμένου φάσματος κεφαλοσπορίνες σε κλινικό ωτικό στέλεχος του P. mirabilis που έφερε χρωμοσωμικά εντοπισμένο blaCMY-2 γονίδιο. Ο προσδιορισμός της MIC έγινε με τη μέθοδο των διαδοχικών μικροαραιώσεων. Η φαινοτυπική ανίχνευση της παραγωγής των β-λακταμασών συνδυάστηκε με τις γενοτυπικές αναλύσεις (PCRs, ανάλυσης της αλληλουχίας, πειράματα σύζευξης, S1-νουκλεάση-PFGE και PCR χαρτογράφηση), η χρωμοσωμική έναντι της πλασμιδιακής εντόπισης εκτιμήθηκε με τη διεξαγωγή της I-CeuI ανάλυσης. Τέλος, σε δύο στελέχη του E. cloacae που παρουσίαζαν αντοχή στους αναστολείς των β-λακταμασών και στις κεφαμυκίνες έγινε έλεγχος παραγωγής επαγώγιμων ή σταθερά παραγόμενων AmpC β-λακταμασών. Ο προσδιορισμός της MIC έγινε με τη μέθοδο των διαδοχικών μικροαραιώσεων και εφαρμόστηκε το D-test με σκοπό τη φαινοτυπική ανίχνευση της παραγωγής των επαγώγιμων β-λακταμασών.

scholarly journals Phenotypic and Molecular Analysis of Penicillin-Nonsusceptible Streptococcus pneumoniae Isolates in Poland

2006 ◽  
Vol 51 (1) ◽  
pp. 40-47 ◽  
Author(s):  
Ewa Sadowy ◽  
Radosław Izdebski ◽  
Anna Skoczyńska ◽  
Paweł Grzesiowski ◽  
Marek Gniadkowski ◽  
...  
Keyword(s):  
Streptococcus Pneumoniae ◽  
Molecular Analysis ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Multilocus Sequence Typing ◽  
Susceptibility Testing ◽  
Bacterial Pathogen ◽  
Pulsed Field Gel Electrophoresis ◽  
Pulsed Field ◽  
Related Clone ◽  
Sequence Types

ABSTRACT β-Lactams are the drugs of choice for the treatment of infections caused by the important bacterial pathogen Streptococcus pneumoniae. The recent growth of resistance of this organism to penicillin observed worldwide is of the highest concern. In this study, using 887 surveillance pneumococcal isolates recovered in Poland from 1998 to 2002, we observed the increase in penicillin nonsusceptibility from 8.7% to 20.3%. All of the 109 penicillin-nonsusceptible S. pneumoniae (PNSP) isolates identified, together with 22 archival PNSP isolates from 1995 to 1997, were subsequently analyzed by susceptibility testing, serotyping, profiling of pbp genes, pulsed-field gel electrophoresis, and multilocus sequence typing (MLST). Four predominant serotypes, serotypes 6B, 9V, 14, and 23F, characterized 85.5% of the isolates. MLST revealed the presence of 34 sequence types, 15 of which were novel types. Representatives of seven multiresistant international clones (Spain23F-1, Spain6B-2, Spain9V-3, Taiwan23F-15, Poland23F-16, Poland6B-20, and Sweden15A-25) or their closely related variants comprised the majority of the study isolates. The spread of Spain9V-3 and its related clone of serotype 14/ST143 has remarkably contributed to the recent increase in penicillin resistance in pneumococci in the country.

scholarly journals Molecular typing of Escherichia coli O157[ratio ]H7 (H−) isolates from cattle in Japan

1999 ◽  
Vol 122 (2) ◽  
pp. 337-341 ◽  
Author(s):  
M. AKIBA ◽  
T. MASUDA ◽  
T. SAMESHIMA ◽  
K. KATSUDA ◽  
M. NAKAZAWA
Keyword(s):  
Escherichia Coli ◽  
Molecular Typing ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Pulsed Field Gel Electrophoresis ◽  
Escherichia Coli O157 ◽  
Outbreak Strain ◽  
Pulsed Field ◽  
E Coli ◽  
Biological Methods ◽  
Pfge Profiles

A total of 77 Escherichia coli O157[ratio ]H7 (H−) isolates from cattle in Japan were investigated by molecular biological methods. Most of these isolates (43 isolates) possessed the stx2 gene, but not stx1. Fifteen bacteriophage types and 50 pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) profiles were observed. One isolate was indistinguishable from the human outbreak strain by these methods. This indicates that cattle must be considered as a possible source of human E. coli O157[ratio ]H7 infection in Japan.

scholarly journals Endoscopic Retrograde Cholangiopancreatography–Associated AmpCEscherichia coliOutbreak

2015 ◽  
Vol 36 (6) ◽  
pp. 634-642 ◽  
Author(s):  
Kristen A. Wendorf ◽  
Meagan Kay ◽  
Christopher Baliga ◽  
Scott J. Weissman ◽  
Michael Gluck ◽  
...  
Keyword(s):  
Infection Control ◽  
Endoscopic Retrograde Cholangiopancreatography ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Gene Sequencing ◽  
Pulsed Field Gel Electrophoresis ◽  
Control Measures ◽  
Biliary Disease ◽  
Endoscopic Retrograde ◽  
Pulsed Field ◽  
E Coli

BACKGROUNDWe identified an outbreak of AmpC–producingEscherichia coliinfections resistant to third-generation cephalosporins and carbapenems (CR) among 7 patients who had undergone endoscopic retrograde cholangiopancreatography at hospital A during November 2012–August 2013. Gene sequencing revealed a shared novel mutation in ablaCMYgene and a distinctivefumC/ fimHtyping profile.OBJECTIVETo determine the extent and epidemiologic characteristics of the outbreak, identify potential sources of transmission, design and implement infection control measures, and determine the association between the CRE. coliand AmpCE. colicirculating at hospital A.METHODSWe reviewed laboratory, medical, and endoscopy reports, and endoscope reprocessing procedures. We obtained cultures from endoscopes after reprocessing as well as environmental samples and conducted pulsed-field gel electrophoresis and gene sequencing on phenotypic AmpC isolates from patients and endoscopes. Cases were those infected with phenotypic AmpC isolates (both carbapenem-susceptible and CR) and identicalblaCMY-2,fumC, andfimHalleles or related pulsed-field gel electrophoresis patterns.RESULTSThirty-five of 49 AmpCE. colitested met the case definition, including all CR isolates. All cases had complicated biliary disease and had undergone at least 1 endoscopic retrograde cholangiopancreatography at hospital A. Mortality at 30 days was 16% for all patients and 56% for CR patients. Two of 8 reprocessed endoscopic retrograde cholangiopancreatography scopes harbored AmpC that matched case isolates by pulsed-field gel electrophoresis. Environmental cultures were negative. No breaches in infection control were identified. Endoscopic reprocessing exceeded manufacturer’s recommended cleaning guidelines.CONCLUSIONRecommended reprocessing guidelines are not sufficient.Infect Control Hosp Epidemiol2015;00(0): 1–9

scholarly journals Coagulase gene variants associated with distinct populations of Staphylococcus aureus

2003 ◽  
Vol 130 (2) ◽  
pp. 207-219 ◽  
Author(s):  
P. E. CARTER ◽  
K. BEGBIE ◽  
F. M. THOMSON-CARTER
Keyword(s):  
Staphylococcus Aureus ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Multilocus Sequence Typing ◽  
Clonal Complex ◽  
Protein A ◽  
Pulsed Field Gel Electrophoresis ◽  
Gene Variants ◽  
Pfge Analysis ◽  
Pulsed Field ◽  
Clonal Distribution

An identifying characteristic of Staphylococcus aureus is the production of staphylocoagulase (coagulase). The aim of this study was to determine the clonal distribution of coagulase gene (coa) variants within populations of S. aureus defined by multilocus sequence typing (MLST), pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and protein A variation. The N-terminal region of the coa gene from 43 methicillin-susceptible (MSSA) and 252 methicillin-resistant (MRSA) S. aureus human isolates and 9 animal S. aureus isolates was amplified and digested with HinfI. Twelve types were identified amongst the MSSA isolates and the majority (93%) of MRSA isolates were assigned to 5 of the 12 types. MLST and PFGE analysis identified epidemic populations of MRSA and each epidemic population was characterized by a different coagulase type. Nine of the 12 MLST-defined clonal complex ancestral genotypes recently described each carried a different coagulase type suggesting that coagulase evolution and the evolution of the clonal complexes are intimately related.

scholarly journals Nosocomial Spread of Colistin-Only-Sensitive Sequence Type 235 Pseudomonas aeruginosa Isolates Producing the Extended-Spectrum β-Lactamases GES-1 and GES-5 in Spain

2009 ◽  
Vol 53 (11) ◽  
pp. 4930-4933 ◽  
Author(s):  
Esther Viedma ◽  
Carlos Juan ◽  
Joshi Acosta ◽  
Laura Zamorano ◽  
Joaquín R. Otero ◽  
...  
Keyword(s):  
Pseudomonas Aeruginosa ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Multilocus Sequence Typing ◽  
Resistance Mechanisms ◽  
Pulsed Field Gel Electrophoresis ◽  
Sequence Type ◽  
Pulsed Field ◽  
Resistance Determinants ◽  
Extended Spectrum ◽  
Spanish Hospital

ABSTRACT The mechanisms responsible for the increasing prevalence of colistin-only-sensitive (COS) Pseudomonas aeruginosa isolates in a Spanish hospital were investigated. Pulsed-field gel electrophoresis revealed that 24 (50%) of the studied isolates belonged to the same clone, identified as the internationally spread sequence type 235 (ST235) through multilocus sequence typing. In addition to several mutational resistance mechanisms, an integron containing seven resistance determinants was detected. Remarkably, the extended-spectrum β-lactamase GES-1 and its Gly170Ser carbapenem-hydrolyzing derivative GES-5 were first documented to be encoded in a single integron. This work is the first to describe GES enzymes in Spain and adds them to the growing list of β-lactamases of concern (PER, VIM, and OXA) detected in ST235 clone isolates.

Pulsed-Field Gel Electrophoresis Characterization of Shiga Toxin–Producing Escherichia coli O157 from Hides of Cattle at Slaughter

2002 ◽  
Vol 65 (7) ◽  
pp. 1172-1176 ◽  
Author(s):  
S. M. AVERY ◽  
A. SMALL ◽  
C.-A. REID ◽  
S. BUNCIC
Keyword(s):  
Escherichia Coli ◽  
Shiga Toxin ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Immunomagnetic Separation ◽  
Pulsed Field Gel Electrophoresis ◽  
Escherichia Coli O157 ◽  
Adult Cattle ◽  
Pulsed Field ◽  
E Coli ◽  
High Prevalence

Contamination of the brisket areas of the hides of healthy adult cattle with Shiga toxin–producing Escherichia coli O157 at slaughter in England was studied. In total, 73 cattle consignments comprising 584 animals delivered to one abattoir over 3 days during 1 week in July 2001 were studied: 26 cattle consignments arriving on Monday, 32 consignments arriving on Wednesday, and 15 consignments arriving on Friday. Consignment sizes ranged from 1 to 23 animals, with a mean consignment size of 8. The hide of the first animal to be slaughtered in each consignment was sampled by using a sponge swab moistened with 0.85% saline to rub an unmeasured brisket (ventral) area (ca. 30 by 30 cm). The process of isolating E. coli O157 from the swabs consisted of enrichment, screening with immunoprecipitation assay kits, and immunomagnetic separation. E. coli O157 was found on 24 of 73 (32.9%) cattle hides examined, and 21 of these 24 isolates produced Shiga toxins. The 24 E. coli O157 isolates produced six different pulsed-field gel electrophoresis profiles, and 18 (75%) of the isolates were of one prevalent clone. The high prevalence of one E. coli O157 clone on the hides of cattle at slaughter could be due to a high prevalence of that clone on the 18 farms involved (not investigated in the current study), in the postfarm transport or lairage environments, or both. Since the lairage environment, but not the farm of origin or the postfarm transport vehicle, was a factor common to all 18 cattle consignments, it could have played an important role in spreading the prevalent E. coli O157 clone to the cattle hides. Lairage pen floors and the stunning box floor were identified as the most probable sites along the unloading-to-slaughter route at which the brisket areas of cattle hides could become contaminated.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document