The Alignment of the Medical Subject Headings to the Gene Ontology and Its Application in Gene Annotation

Author(s):  
Henrik Tveit ◽  
Torulf Mollestad ◽  
Astrid Lægreid
F1000Research ◽  
2015 ◽  
Vol 4 ◽  
pp. 47
Author(s):  
Erinija Pranckeviciene

Algorithms mining relationships between genes and phenotypes can be classified into several overlapping categories based on how a phenotype is defined: by training genes known to be related to the phenotype; by keywords and algorithms designed to work with disease phenotypes. In this work an algorithm of linking phenotypes to Gene Ontology (GO) annotations is outlined, which does not require training genes and is based on algorithmic principles of Genes to Diseases (G2D) gene prioritization tool. In the outlined algorithm phenotypes are defined by terms of Medical Subject Headings (MeSH). GO annotations are linked to phenotypes through intermediate MeSH D terms of drugs and chemicals. This inference uses mathematical framework of fuzzy binary relationships based on fuzzy set theory. Strength of relationships between the terms is defined through frequency of co-occurrences of the pairs of terms in PubMed articles and a frequency of association between GO annotations and MeSH D terms in NCBI Gene gene2go and gene2pubmed datasets. Three plain tab-delimited datasets that are required by the algorithm are contributed to support computations. These datasets can be imported into a relational MySQL database. MySQL statements to create tables are provided. MySQL procedure implementing computations that are performed by outlined algorithm is listed. Plain tab-delimited format of contributed tables makes it easy to use this dataset in other applications.


2015 ◽  
Vol 23 (3) ◽  
pp. 617-626 ◽  
Author(s):  
Nophar Geifman ◽  
Sanchita Bhattacharya ◽  
Atul J Butte

Abstract Objective Cytokines play a central role in both health and disease, modulating immune responses and acting as diagnostic markers and therapeutic targets. This work takes a systems-level approach for integration and examination of immune patterns, such as cytokine gene expression with information from biomedical literature, and applies it in the context of disease, with the objective of identifying potentially useful relationships and areas for future research. Results We present herein the integration and analysis of immune-related knowledge, namely, information derived from biomedical literature and gene expression arrays. Cytokine-disease associations were captured from over 2.4 million PubMed records, in the form of Medical Subject Headings descriptor co-occurrences, as well as from gene expression arrays. Clustering of cytokine-disease co-occurrences from biomedical literature is shown to reflect current medical knowledge as well as potentially novel relationships between diseases. A correlation analysis of cytokine gene expression in a variety of diseases revealed compelling relationships. Finally, a novel analysis comparing cytokine gene expression in different diseases to parallel associations captured from the biomedical literature was used to examine which associations are interesting for further investigation. Discussion We demonstrate the usefulness of capturing Medical Subject Headings descriptor co-occurrences from biomedical publications in the generation of valid and potentially useful hypotheses. Furthermore, integrating and comparing descriptor co-occurrences with gene expression data was shown to be useful in detecting new, potentially fruitful, and unaddressed areas of research. Conclusion Using integrated large-scale data captured from the scientific literature and experimental data, a better understanding of the immune mechanisms underlying disease can be achieved and applied to research.


Author(s):  
Mariana Vanon Moreira ◽  
Aline Batista Brighenti dos Santos ◽  
Júlia Abrahão Lopes ◽  
Cecília Barra de Oliveira Hespanhol

Introdução: O tromboembolismo venoso (TEV) é uma das principais causas de morbimortalidade materno-fetal. Isso porque, durante a gestação, a predisposição a essa condição eleva-se em virtude do estado de hipercoagulabilidade do sangue da mãe, já que durante esse período a gestante apresenta fatores de risco para os três componentes da tríade de Virchow. Dessa forma, há: a) estase venosa, pela diminuição do tônus venoso e obstrução do fluxo venoso pelo aumento do útero; b) hipercoagulabilidade, com aumento da geração de fibrina, diminuição da atividade fibrinolítica e aumento dos fatores de coagulação II, VII, VIII e X, além de queda progressiva nos níveis de proteína S e resistência adquirida à proteína C ativada; e c) lesão endotelial decorrente da nidação e do remodelamento vascular das artérias uteroespiraladas com o parto e com a dequitação placentária. Apesar de tais fenômenos serem necessários para o controle hemorrágico da mulher durante e após o parto, pode ocorrer obstrução de vasos placentários, acarretando abortos de repetição, descolamento prematuro de placenta e hipertensão arterial materna. Objetivo: Analisar a tromboprofilaxia gestacional recomendada para mulheres com risco de TEV. Material e Método: Em março de 2021, foi realizada uma revisão sistemática na base de dados Medical Literature Analysis and Retrieval System Online (MEDLINE), utilizando os descritores: “hematologic pregnancy complications”; “treatment”; “venous thromboembolism”; e suas variações, obtidas do Medical Subject Headings (MeSH). Foram incluídos ensaios clínicos controlados e randomizados (ECCR), publicados nos últimos cinco anos e na língua inglesa. Resultados: Encontraram-se 24 artigos, dos quais seis foram empregados para a confecção deste trabalho. Dois ECCR selecionados envolveram 4.258 grávidas com predisposição ao TEV, as quais foram divididas em grupo controle e grupo experimental. Ambos os estudos utilizaram um tratamento profilático antes e depois da gestação e relataram a necessidade de submeter toda grávida a uma avaliação de risco para TEV. Em caso positivo, é recomendada a utilização de heparina de baixo peso molecular (HBPM) como principal agente de escolha profilática. A respeito da terapia pós-gestacional, postula-se o uso de HBPM e de meias compressivas por sete dias após o nascimento da criança, salvo em mulheres que já utilizavam anticoagulantes antes da gravidez - as quais precisam ingerir o medicamento por seis semanas. Conclusão: As mudanças anatômicas que ocorrem no organismo da mulher tornam as gestantes suscetíveis aos riscos de um evento trombótico durante a gravidez. Dessa forma, um tratamento profilático adequado é essencial para evitar a mortalidade obstétrica na ausência de um manejo adequado. Nesse quesito, destaca-se o uso de HBPM e de meias compressivas.


2013 ◽  
Vol 38 (3) ◽  
Author(s):  
Tainá Maria De Souza Vidal ◽  
Simone Cristina Soares Brandão ◽  
Daniella Cunha Brandão ◽  
Gilmário Ricarte Batista

O objetivo deste artigo foi revisar sistematicamente as evidências disponíveis sobre os efeitos na capacidade funcional, atividade simpática cardíaca e qualidade de vida, que constituem os principais indicadores de prognóstico, encontrados em estudos que empregam protocolos de reabilitação com exercício aeróbico intervalado em pacientes com insuficiência cardíaca. Foi realizado um levantamento de dados sobre essa temática a partir das bases de dados MEDLINE, LILACS e SciELO, utilizando cinco descritores em Ciências da Saúde ou Medical Subject Headings, três termos-livres e sete cruzamentos. Na base de dados MEDLINE, via Publisher MEDLINE, cruzando-se as palavras-chave e os termos livres, foram encontrados 155 artigos. Já nas bases de dados LILACS e SciELO, nas quais foi realizada busca nos idiomas inglês, português e espanhol, foram encontrados seis artigos, conjuntamente. Conclui-se, pelas evidências relatadas nesta revisão, que o exercício aeróbico intervalado em pacientes com insuficiência cardíaca (IC) proporciona melhora da capacidade funcional, aferida por meio do VO2 pico, e na qualidade de vida, quando comparado ao exercício aeróbico contínuo, ambos realizados de forma isolada.


2016 ◽  
Vol 21 (11) ◽  
pp. 3597-3610
Author(s):  
Paulo Adão de Medeiros ◽  
Artur Rodrigues Fortunato ◽  
Adriana Aparecida da Fonseca Viscardi ◽  
Fabiana Flores Sperandio ◽  
Giovana Zarpellon Mazo

Resumo Como a demanda por instituições de longa permanência para idosos (ILPIs) está aumentando, torna-se relevante para os sistemas de saúde pública discutir o processo de avaliação das condições de saúde dos seus residentes. O presente estudo objetivou identificar instrumentos de medida construídos especificamente para o gerenciamento e o cuidado de residentes idosos, em instituições de longa permanência. Realizou-se uma revisão sistemática segundo as recomendações PRISMA, nos bancos de dados Medline e CINAHL, desde a sua criação até maio de 2013, utilizando termos da Medical Subject Headings adequados para a busca. Foram encontrados 1858 artigos e selecionados 30, sendo identificados 28 instrumentos nesses estudos. Os EUA foram o país que mais construiu instrumentos voltados a essa população e o Minimum Data Set/Resident Assessment Instrument (MDS/RAI) foi o mais utilizado nos estudos da presente revisão. As variáveis mais frequentemente avaliadas pelos instrumentos foram a depressão, a cognição e a capacidade funcional. Torna-se urgente a reformulação de políticas públicas que garantam um sistema de avaliação padronizado dos residentes de ILPIs no Brasil, sendo um desafio fazer com que os instrumentos desenvolvidos consigam se difundir e se efetivar no cotidiano dos profissionais dessas instituições.


2011 ◽  
Vol 44 (2) ◽  
pp. 299-309 ◽  
Author(s):  
Felipe Mancini ◽  
Fernando Sequeira Sousa ◽  
Fábio Oliveira Teixeira ◽  
Alex Esteves Jacoud Falcão ◽  
Anderson Diniz Hummel ◽  
...  

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