O objetivo deste estudo foi avaliar os efeitos do Método Pilates sobre a variabilidade da frequência cardíaca, na flexibilidade e nas variáveis antropométricas em indivíduos sedentários. O presente estudo contou com 14 voluntárias do sexo feminino, na faixa etária entre 40 e 55 anos, que realizaram 20 sessões de exercícios do Método Pilates, duas vezes por semana, com duração de 45 minutos cada sessão, dividida em três fases: repouso, exercício e recuperação. As variáveis estudadas foram: os dados antropométricos, flexibilidade avaliada utilizando o teste de sentar-e-alcançar com o Banco de Wells, e intervalos R-R usando um cardiotacômetro. O processamento dos sinais da frequência cardíaca foi efetuado em ambiente MatLab 6.1®, utilizando a TWC. Os dados coletados foram submetidos ao teste de normalidade de Shapiro Wilk e foi utilizado o teste de Wilcoxon e Anova One Way (α = 0,05). Nos resultados, observou-se que não houve diferenças significativas entre os valores antropométricos e de frequência cardíaca, porém houve aumento da flexibilidade com o treinamento. Comparando a primeira e a vigésima sessão com relação aos parâmetros low frequency (LF), high frequency (HF), e relação LF/HF, não houve diferença na fase de repouso e foram constatadas diferenças significativas de LF (p = 0,04) e HF (p = 0,04) na fase de exercício e diferença significativa de LF/HF (p = 0,05) na fase de recuperação. Comparando os parâmetros nos períodos de repouso, exercícios e recuperação durante a primeira sessão e durante a vigésima sessão, não houve diferença significativa nos parâmetros LF, HF e LF/HF. Pode-se concluir que, em relação à flexibilidade, foi observada uma melhora significativa, enquanto a análise da frequência cardíaca caracterizou a intensidade do exercício de 50% da capacidade funcional das voluntárias. Em relação aos parâmetros LF, HF e LF/HF foram observados um aumento da variabilidade da frequência cardíaca, provavelmente produto da atividade do Método Pilates. A Transformada Wavelet (TWC) mostrou-se um Método adequado para as análises da variabilidade da frequência cardíaca.Palavras-chave: frequência cardíaca, Transformada Wavelet, Pilates.