scholarly journals Caracterización fenotípica y genotípica de Staphylococcus spp con resistencia a meticilina en pollos comerciales

2021 ◽  
Vol 32 (3) ◽  
pp. e20395
Author(s):  
Rony Cotaquispe ◽  
Ruth Sarmiento ◽  
Stephane Lovón ◽  
Jorge Rodriguez
Keyword(s):  
Multiplex Pcr ◽  
Pcr Multiplex ◽  
Staphylococcus Spp

El estudio tuvo como objetivo identificar Staphylococcus spp con fenotipos y genotipos de resistencia a meticilina, así como identificar variantes del polimorfismo del gen coa + en S. aureus. Se utilizaron 97 cepas de Staphylococcus spp aislados de pollos y se hicieron antibiogramas y pruebas de PCR multiplex, PCR convencional y secuenciamiento. Los resultados fenotípicos indican la presencia de resistencia a 2 SARM y 26 SCN resistentes a meticilina (cefoxitina) y 2 S. aureus y 67 SCN con presunta resistencia a meticilina (oxacilina) en las pruebas de antibiograma. Mediante PCR se identificó el gen mecA responsable de la resistencia a meticilina en 24 cepas: 2 SARM y 22 SCNRM y se identificaron cuatro genotipos de S. aureus con variantes del polimorfismo del gen coagulasa. Los resultados sugieren una actividad genética constante, la aparición de clones y la expresión de genes para la resistencia a los principales antibióticos que enfrentan Staphylococcus spp.

scholarly journals Avanços em testes genéticos pré-implantacionais: revisão de literatura

2021 ◽  
Vol 10 (15) ◽  
pp. e429101523103
Author(s):  
Beatriz de Araujo Scapin Scapin ◽  
Catherine Caldas de Mesquita Mesquita ◽  
Rodrigo Tenório Padilha Padilha ◽  
Deborah de Melo Magalhães Padilha Padilha
Keyword(s):  
Multiplex Pcr ◽  
Nested Pcr ◽  
Ion Torrent ◽  
Pcr Multiplex

O desenvolvimento das tecnologias genéticas pré-implantacionais nos permite, hoje, identificar anomalias genéticas hereditárias, realizar triagem em busca de mutações e analisar previamente a viabilidade de um embrião, inclusive conhecer a compatibilidade genética embrionária com a de uma pessoa já nascida e doente, que necessite de um doador compatível. Os testes genéticos pré-implantacionais consistem em um conjunto de técnicas, realizadas após o processo de Fertilização in vitro (FIV) e antes da implantação do embrião. Devido à escassez de artigos na literatura brasileira sobre o assunto, foi desenvolvida uma revisão de literatura, que tem como objetivo explanar sobre os avanços que ocorreram nos últimos 30 anos nos testes utilizados para o diagnóstico genético pré-implantacional (DGPI), esclarecendo e apresentando seus protocolos. Para isso, foram selecionadas as principais técnicas adotadas, sendo elas Nested PCR, Multiplex PCR, qPCR, FISH, aCGH, SNP’s, NGS Ion Torrent e Illumina, além de contextualizar a cronologia dos testes e apresentar todo o contexto ético que os envolve. Para tanto, foram utilizadas 48 referências de língua inglesa, portuguesa e espanhola, em sua maioria datadas entre 2017 a 2021. É fato que o DGPI confere um grande avanço no campo da reprodução assistida e possibilita mulheres com idade avançada ou histórico recorrente de aborto, além de pessoas com anomalias genéticas, terem o DNA de seus embriões analisados antes de sua implantação, permitindo identificar mutações que poderão afetar a saúde do bebê e garantindo a sua compatibilidade com a vida.

Primers with 5′ Flaps Improve the Efficiency and Sensitivity of Multiplex PCR Assays for the Detection of Salmonella and Escherichia coli O157:H7

2013 ◽  
Vol 76 (4) ◽  
pp. 668-673 ◽  
Author(s):  
CHRIS TIMMONS ◽  
SHEFALI DOBHAL ◽  
JACQUELINE FLETCHER ◽  
LI MARIA MA
Keyword(s):  
Escherichia Coli ◽  
Multiplex Pcr ◽  
Fold Increase ◽  
Detection Sensitivity ◽  
Escherichia Coli O157 ◽  
Bacterial Cells ◽  
Robust Detection ◽  
E Coli ◽  
Pcr Multiplex ◽  
Pcr Assays

Foodborne illnesses caused by Salmonella enterica and Escherichia coli O157:H7 are worldwide health concerns. Rapid, sensitive, and robust detection of these pathogens in foods and in clinical and environmental samples is essential for routine food quality testing, effective surveillance, and outbreak investigations. The aim of this study was to evaluate the effect on PCR sensitivity of adding a short, AT-rich overhanging nucleotide sequence (flap) to the 5′ end of PCR primers specific for the detection of Salmonella and E. coli O157:H7. Primers targeting the invA gene of Salmonella and the rfbE gene of E. coli O157:H7 were synthesized with or without a 12-bp, AT-rich 5′ flap (5′-AATAAATCATAA-3′). Singleplex PCR, multiplex PCR, and real-time PCR sensitivity assays were conducted using purified bacterial genomic DNA and crude cell lysates of bacterial cells. The effect of background flora on detection was evaluated by spiking tomato and jalapeno pepper surface washes with E. coli O157:H7 and Salmonella Saintpaul. When targeting individual pathogens, end-point PCR assays using flap-amended primers were more efficient than nonamended primers, with 20.4 and 23.5% increases in amplicon yield for Salmonella and E. coli O157:H7, respectively. In multiplex PCR assays, a 10- to 100-fold increase in detection sensitivity was observed when the primer flap sequence was incorporated. This improvement in both singleplex and multiplex PCR efficiency and sensitivity can lead to improved Salmonella and E. coli O157:H7 detection.

scholarly journals Detecção simultânea de fatores de resistência à murcha de fusário do tomateiro por meio de PCR multiplex

2016 ◽  
Vol 51 (8) ◽  
pp. 925-932
Author(s):  
Renato Carrer Filho ◽  
Vanessa Duarte Dias ◽  
Renata Maria de Oliveira ◽  
Érico de Campos Dianese ◽  
Leonardo Silva Boiteux ◽  
...  
Keyword(s):  
Fusarium Oxysporum ◽  
Multiplex Pcr ◽  
Solanum Lycopersicum ◽  
Pcr Multiplex

Resumo: O objetivo deste trabalho foi elaborar e validar um protocolo de detecção simultânea, via reação em cadeia da polimerase multiplex (PCR multiplex), de regiões genômicas do tomateiro (Solanum lycopersicum) associadas a fatores de resistência às três raças fisiológicas de Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (FOL). Os pares de iniciadores empregados foram SSR-67 (específico para o gene I-1), TFusrr (específico para o gene I-2) e SSRD (específico para o gene I-3). Os resultados de genotipagem com marcadores moleculares foram comparados aos resultados de fenotipagem de uma coleção de germoplasma de tomateiro, em bioensaios de inoculação de isolados das três raças de FOL em plântulas, pelo método de imersão das raízes. A resistência ou a suscetibilidade foi confirmada por PCR, por meio de visualização dos âmplicons específicos para as regiões-alvo ligadas aos fatores de resistência às distintas raças de FOL. O protocolo elaborado para o uso conjunto dos marcadores moleculares, em PCR multiplex, permite a seleção de acessos de tomateiro resistentes às raças 1, 2, e 3 de F. oxysporum f. sp. lycopersici de maneira similar à realizada com a utilização de cada um separadamente. O PCR multiplex representa uma ferramenta viável para monitorar a incorporação desses fatores de resistência em linhagens de tomateiro.

scholarly journals PCR Multiplex fluorescente para detecção de bactérias em sêmen bovino

2012 ◽  
Vol 32 (3) ◽  
pp. 211-216
Author(s):  
Francisca E.F. Dias ◽  
Caris M. Nunes ◽  
Tânia V. Cavalcante ◽  
Helciléia D. Santos ◽  
Silvia Minharro ◽  
...  
Keyword(s):  
Multiplex Pcr ◽  
Brucella Abortus ◽  
Leptospira Interrogans ◽  
Campylobacter Fetus ◽  
Pcr Multiplex ◽  
Haemophilus Somnus

Este estudo teve como objetivo avaliar o limiar de detecção da técnica de PCR multiplex fluorescente aliada a eletroforese capilar na detecção de agentes infecciosos em amostras de sêmen experimentalmente contaminadas com concentrações decrescentes das bactérias Brucella abortus, Leptospira interrogans sorovar pomona, Campylobacter fetus e Haemophilus somnus. Amostras de sêmen bovino foram experimentalmente contaminadas com concentrações decrescentes de bactérias obtidas através de diluições seriadas na base 10 de modo a obter-se amostras contendo desde 1 vez até 10-7 bactérias/mL a partir da concentração inicial de Leptospira pomona, Brucella abortus, Campylobacter fetus e Haemophilus somnus. As diluições foram efetuadas individualmente para cada bactéria, bem como nas diferentes concentrações necessárias para a padronização do teste de multiplex PCR. As extrações de DNA de todas as soluções contendo espermatozóides e bactérias analisadas no presente estudo foram realizadas segundo protocolo descrito por Heinemann et al. (2000). Os produtos de PCR multiplex foram avaliados por eletroforese em gel de poliacrilamida 8% e separação eletroforética por sistema capilar em equipamento automático de análise de fragmentos de DNA MegaBace. Observou-se a amplificação de fragmentos de 193pb, 330pb, 400pb e 415pb a partir do DNA de B. abortus, L. pomona, H. somnus, C. fetus, respectivamente. Na análise por eletroforese capilar de produtos da PCR multiplex do DNA para detecção simultânea dos quatro patógenos observou-se a sinal de positividade até a diluição de 10-3 bactérias/mL vezes da concentração inicial da solução estoque de cada bactéria. A técnica de PCR multiplex aliada à eletroforese capilar foi usada pela primeira vez para o diagnóstico direto de quatro bactérias patogênicas no sêmen, demonstrando ser um método rápido na detecção de bactérias causadoras de doenças reprodutivas.

scholarly journals PCR-Based Genomic Deletion Analysis of RD-Regions in the Identification of Mycobacteria Isolated from Adverse Events Following BCG Vaccination or TB Suspected Cases

2014 ◽  
Vol 63 (3) ◽  
pp. 359-362 ◽  
Author(s):  
KATARZYNA KRYSZTOPA-GRZYBOWSKA ◽  
SYLWIA BRZEZIŃSKA ◽  
EWA AUGUSTYNOWICZ-KOPEĆ ◽  
EWA AUGUSTYNOWICZ ◽  
ANNA LUTYŃSKA
Keyword(s):  
Mycobacterium Tuberculosis ◽  
Early Diagnosis ◽  
Adverse Events ◽  
Multiplex Pcr ◽  
Mycobacterium Bovis ◽  
Early Identification ◽  
Clinical Samples ◽  
Mycobacterial Species ◽  
Surveillance Studies ◽  
Pcr Multiplex

Early identification of mycobacterial species is crucial for early diagnosis. PCR-multiplex method performed on randomly chosen 54 mycobacteria isolates originating from clinical samples was found to be an inexpensive, quick and reliable alternative for commercially available diagnostics tests. Although the results of gene probes identification performed by NTLDR were generally consistent with multiplex PCR, two mixed Mycobacterium bovis BCG/Mycobacterium tuberculosis infections and a single misdiagnosis of M. tuberculosis with M. bovis were found. The routine application of multiplex-PCR has the potential to make diagnostics surveillance studies feasible.

scholarly journals A new multiplex PCR for species-specific diagnosis of human candidiasis

Biomédica ◽  
2017 ◽  
Vol 37 (2) ◽  
Author(s):  
Liliana Torcoroma García ◽  
Liany Johanna Luna ◽  
Tania Katherine Velasco ◽  
Beatriz Elena Guerra
Keyword(s):  
Multiplex Pcr ◽  
Specific Diagnosis ◽  
Pcr Multiplex ◽  
Species Specific

Introducción. Las candidiasis son un grupo de infecciones oportunistas causadas por levaduras del género Candida. C. albicans es la especie de mayor prevalencia en infecciones superficiales y profundas, sin embargo en la actualidad la frecuencia de especies no albicans, ha incrementado considerablemente su relevancia clínica en la última década, haciendo obligatoria la utilización de técnicas diagnósticas que permitan la identificación de especies para el manejo terapéutico adecuado de los pacientes.Objetivo. Diseñar y optimizar una técnica de PCR múltiplex considerando parámetros termodinámicos, para la identificación simultánea de cinco especies de Candida relevantes en la etiología de candidiasis humana.Materiales y métodos. Para el diseño de los cebadores se consideraron restricciones físicas y termodinámicas que afectan la PCR múltiplex, usando Gene Runner y Mult-PSOS. Como secuencias base se utilizaron: región transcrita interna 2 (ITS2) (AJ249486.1) para C. albicans y topoisomerasa II (TOPII) para C. parasilopsis (AB049144.1), C. krusei (AB049139.1), C. tropicalis (AB049141.1) y C. guillermondii (AB049145.1). Como moldes fueron utilizados extractos de ADN total obtenidos de cepas ATCC y aislamientos clínicos de las especies de Candida.Resultados. Se diseñaron 10 cebadores para la amplificación simultánea de las especies de Candida. El patrón de bandas obtenido fue: C. albicans (206pb), C. guillermondii (244pb), C. tropicalis (474pb), C. parasilopsis (558pb) y C. krusei (419pb).Conclusión. El ensayo de PCR múltiplex diseñado permitió la amplificación simultánea y eficiente de todos los amplicones correspondientes a las especies de Candida estudiadas, las cuales presentaron una adecuada resolución en gel de agarosa al 1,3%.

scholarly journals Rapid Method for Species-Specific Identification and Determination of Toxigenicity of Vibrio Cholerae from Natural Aquatic Environment

1970 ◽  
Vol 1 (1) ◽  
pp. 69-75
Author(s):  
Bidhan Chakraborty ◽  
Khadiza Zaman ◽  
Md Majibur Rahman
Keyword(s):  
Multiplex Pcr ◽  
Vibrio Cholerae ◽  
Serological Test ◽  
Seasonal Pattern ◽  
Public Health Problem ◽  
Major Public Health Problem ◽  
Pcr Multiplex ◽  
Pcr Method ◽  
Species Specific

Cholera caused by toxigenic Vibrio cholerae is a major public health problem confronting developing countries, where outbreaks occur in a regular seasonal pattern and are particularly associated with poverty and poor sanitation. It is generally accepted that seven distinct pandemics of cholera have occurred since the onset of the first pandemic in 1817. Again Vibrio cholerae is capable of surviving in aquatic environments for extended periods and is considered as autochthonous species in estuarine and brackish waters. Therefore, the present study was designed to isolate V. cholerae from natural environmental samples subsequently identified by conventional and molecular biological techniques. A total number of 10 isolates were included randomly in this study based on their initial identification. The serotypes of the isolates were determined by serological test (slide agglutination) and the number of serotypes O1, O139 and non-O1/O139 were 3, 2 and 5 respectively which were reconfirmed by PCR method. Finally, the toxigenicity of the isolates was analyzed by multiplex PCR method and five (5) isolates were found to contain the ctx gene, the major virulence factor of V. cholerae. Key Words: Vibrio cholerae, Simplex PCR, Multiplex PCR, Serotypes, Toxigenicity.   doi:10.3329/sjps.v1i1.1811 S. J. Pharm. Sci. 1(1&2): 69-75

scholarly journals Toxinas e perfil protéico de amostras de Actinobacillus suis provenientes de plantéis suínos norte-americanos

2010 ◽  
Vol 40 (9) ◽  
pp. 1993-1997
Author(s):  
Rafael Silveira Carreon ◽  
Simone Rodrigues Oliveira ◽  
Rone Cardoso ◽  
João Helder Frederico de Faria Naves ◽  
John Tomaszewski ◽  
...  
Keyword(s):  
Multiplex Pcr ◽  
Actinobacillus Pleuropneumoniae ◽  
Sds Page ◽  
Pcr Multiplex ◽  
Actinobacillus Suis

Actinobacillus suis (A.suis) surgiu como uma grande ameaça aos plantéis suínos norte-americanos. Os sinais clínicos e as lesões são particularmente variáveis e podem lembrar aquelas causadas por outros organismos, como o Actinobacillus pleuropneumoniae (App), podendo ter como causa a similaridade na produção das toxinas ApxI e ApxII. Os objetivos do estudo foram confirmar a produção das toxinas ApxI e ApxII, investigar a produção de toxina geneticamente semelhante à Apx III e analisar as proteínas totais, verificando se existe similaridade entre os isolados provenientes de diferentes plantéis de suínos norte-americanos. Neste estudo, todas as cepas de A. suis foram positivas para os genes codificadores das toxinas ApxI e ApxII, usando o método de reação em cadeia de polimerase - multiplex (PCR-multiplex); e as proteínas totais de 70 amostras de A. suis, oriundos de diferentes plantéis suínos norte-americanos, foram analisadas por meio de eletroforese em gel de poliacrilaminda desnaturante (SDS-PAGE) e foram idênticas. A similaridade eletroforética observada entre as proteínas totais das bactérias analisadas indica a possibilidade de haver uma proteção cruzada a partir de uma provável vacina universal desenvolvida com esses antígenos para A. suis.

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