scholarly journals Accuracy of High-risk HPV DNA PCR, p16INK4a Immunohistochemistry or the Combination of Both to Diagnose HPV-driven Oropharyngeal Cancer

2021 ◽  
Author(s):  
Cindy Simoens ◽  
Tarik Gheit ◽  
Ruediger Ridder ◽  
Ivana Gorbaslieva ◽  
Dana Holzinger ◽  
...  
Keyword(s):  
High Risk ◽  
Case Fatality ◽  
Dna Testing ◽  
Tissue Samples ◽  
Hpv Dna ◽  
High Resource ◽  
Hpv E6 ◽  
Number Of Patients ◽  
Valid Test ◽  
Dna Pcr

Abstract BACKGROUNDThe incidence of high-risk human papillomavirus (hrHPV)-driven head and neck squamous cell carcinoma, in particular oropharyngeal cancers (OPC), is increasing in high-resource countries. Patients with HPV-induced cancer respond better to treatment and consequently have lower case-fatality rates than patients with HPV-unrelated OPC. These considerations highlight the importance of reliable and accurate markers to diagnose truly HPV-induced OPC. METHODSThe accuracy of three possible test strategies, i.e. a) hrHPV DNA PCR (DNA), b) p16INK4a immunohistochemistry (IHC) (p16), and c) the combination of both tests (considering joint DNA and p16 positivity as positivity criterion), was analysed in tissue samples from 99 Belgian OPC patients enrolled in the HPV-AHEAD study. Presence of HPV E6*I mRNA (mRNA) was considered as the reference, indicating HPV etiology. RESULTSNinety-nine OPC patients were included, for which the positivity rates were 36.4%, 34.0% and 28.9% for DNA, p16 and mRNA, respectively. Ninety-five OPC patients had valid test results for all three tests (DNA, p16 and mRNA). Using mRNA status as the reference, DNA testing showed 100% (28/28) sensitivity, and 92.5% (62/67) specificity for the detection of HPV-driven cancer. p16 was 96.4% (27/28) sensitive and equally specific (92.5%; 62/67). The sensitivity and specificity of combined p16+DNA testing was 96.4% (27/28) and 97.0% (65/67), respectively. In this series, p16 alone and combined p16+DNA missed 1 in 28 HPV driven cancers, but p16 alone misclassified 5 in 67 non-HPV driven as positive, whereas combined testing would misclassify only 2 in 67. CONCLUSIONSSingle hrHPV DNA PCR and p16INK4a IHC are highly sensitive but less specific than using combined testing to diagnose HPV-driven OPC patients. Since HPV-driven OPC cancer can be treated less aggressively, combined testing can reduce treatment sequelae at the expense of a small number of patients that may receive less effective therapy.

Off-Label High-Risk HPV DNA Testing of Vaginal ASC-US and LSIL Cytologic Abnormalities at Parkland Hospital

2010 ◽  
Vol 14 (4) ◽  
pp. 352-355 ◽  
Author(s):  
Catherine A. Chappell ◽  
Ann Marie West ◽  
Wareef Kabbani ◽  
Claudia L. Werner
Keyword(s):  
High Risk ◽  
Dna Testing ◽  
Hpv Dna ◽  
Off Label ◽  
Hpv Dna Testing ◽  
High Risk Hpv ◽  
Cytologic Abnormalities

Oncogenic HPV-DNA testing alone as cervical cancer screening in high-risk population of Southern Mexico

2008 ◽  
Vol 26 (15_suppl) ◽  
pp. 16519-16519
Author(s):  
F. Gutierrez-Delgado ◽  
J. E. Enriquez-Freire ◽  
H. Leon-Velasco ◽  
J. A. Manzur-Perez ◽  
A. Baron-Rojas ◽  
...  
Keyword(s):  
Cervical Cancer ◽  
Cancer Screening ◽  
High Risk ◽  
Cervical Cancer Screening ◽  
High Risk Population ◽  
Dna Testing ◽  
Southern Mexico ◽  
Hpv Dna ◽  
Hpv Dna Testing ◽  
Oncogenic Hpv

scholarly journals Comparison of Human Papillomavirus Detection in Urine and Cervical Samples Using High-Risk HPV DNA Testing in Northern Thailand

2016 ◽  
Vol 2016 ◽  
pp. 1-8 ◽  
Author(s):  
Surapan Khunamornpong ◽  
Jongkolnee Settakorn ◽  
Kornkanok Sukpan ◽  
Suree Lekawanvijit ◽  
Narisara Katruang ◽  
...  
Keyword(s):  
Human Papillomavirus ◽  
High Risk ◽  
Hpv Testing ◽  
Dna Testing ◽  
Northern Thailand ◽  
Cervical Sample ◽  
Hpv Dna ◽  
Hpv Dna Testing ◽  
Hpv Test ◽  
High Risk Hpv

Objective. To evaluate the performance of high-risk human papillomavirus (HPV) DNA testing in urine samples compared to that of cervical sample testing in Northern Thailand. Methods. Paired urine and cervical samples were collected during the follow-up of women with a previous positive HPV test. HPV testing was performed using the Cobas 4800 HPV Test. Linear Array assay was used for genotyping in selected cases. Results. Paired urine and cervical samples were obtained from 168 women. Of 123 paired samples with valid results, agreement in the detection of high-risk HPV DNA was present in 106 cases (86.2%), with a kappa statistic of 0.65 (substantial agreement). Using the cervical HPV results as a reference, the sensitivity of urine HPV testing was 68.6% (24/35) and the specificity 93.2% (82/88). For the detection of histologic high-grade squamous intraepithelial lesion or worse (HSIL+), the sensitivity of urine HPV testing was 80.0% (4/5) and the specificity 78.0% (92/118). Conclusion. Although urine HPV testing had a rather low sensitivity for HPV detection, its sensitivity for histologic HSIL+ detection was high. For clinical use of urine HPV testing, standardization of specimen collection and processing techniques or application of a more sensitive test, especially in the detection of HPV52 and HPV58, is necessary.

scholarly journals Ανάπτυξη αλγορίθμων υπολογιστικής νοημοσύνης και ευφυών συστημάτων εκτίμησης κινδύνου και υποστήριξης κλινικής απόφασης για την έγκαιρη διάγνωση και την εξατομικευμένη διαχείριση γυναικών με ενδοεπιθηλιακές αλλοιώσεις τραχήλου μήτρας

2017 ◽  
Author(s):  
Παναγιώτης Μπούντρης
Keyword(s):  
Human Papillomavirus ◽  
Dna Testing ◽  
Hpv Dna ◽  
Hpv E6 ◽  
Hpv Dna Testing

Ο καρκίνος του τραχήλου της μήτρας (CxCa) αποτελεί τον δεύτερο συχνότερο καρκίνο και τη δεύτερη συχνότερη αιτία θανάτου από καρκίνο παγκοσμίως στις γυναίκες μεταξύ 15 και 44 ετών. Η εμμένουσα λοίμωξη από ογκογόνο τύπο του ιού των ανθρωπίνων θηλωμάτων (Human Papillomavirus, HPV) αποτελεί τον βασικό αιτιολογικό παράγοντα εμφάνισης και εξέλιξης της νόσου. Η HPV λοίμωξη αποτελεί τη συχνότερη σεξουαλικώς μεταδιδόμενη λοίμωξη, ωστόσο στο 90% των περιπτώσεων αυτή υποστρέφει αυτόματα. Το τεστ Παπανικολάου (Παπ τεστ) αποτελεί εδώ και 60 χρόνια το πλέον αξιόλογο μέσο για τον προληπτικό πληθυσμιακό έλεγχο (screening) του CxCa. Εντούτοις, η αξιολόγηση των κολποτραχηλικών επιχρισμάτων είναι μία εργασία που απαιτεί κόπο, επηρεάζεται από τον υποκειμενικό παράγοντα και είναι αντικείμενο διαγνωστικού λάθους. Ως αποτέλεσμα, πολλές περιπτώσεις CxCa οφείλονται σε υποεκτίμηση των αλλοιώσεων που παρατηρούνται στην κυτταρολογική εξέταση. Σήμερα διαθέτουμε ποικίλες καινοτόμες μοριακές δοκιμασίες και βιοδείκτες που στοχεύουν στη βελτίωση της πρόληψης, είτε αντικαθιστώντας το Παπ τεστ, είτε λειτουργώντας επικουρικά για την υποστήριξη της διάγνωσης. Οι σημαντικότερες από αυτές βασίζονται στην ανίχνευση του ιού HPV (HPV DNA testing), στην ανίχνευση της έκφρασης E6/E7 mRNA HPV τύπων υψηλού κινδύνου (HPV E6/E7 mRNA testing), καθώς και σε ανοσοκυτταροχημικές τεχνικές, όπως η υπερέκφραση της p16INK4a. Ωστόσο, κάθε μια από τις διαθέσιμες δοκιμασίες παρουσιάζει τη δική της απόδοση και τα δικά της πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα, ενώ όλες πάσχουν από το φαινόμενο της χαμηλής ειδικότητας όταν παρουσιάζουν υψηλή ευαισθησία ή της χαμηλής ευαισθησίας όταν παρουσιάζουν υψηλή ειδικότητα. Επιπλέον, οι προσπάθειες που έχουν γίνει για τον συνδυασμό τους δεν έχουν οδηγήσει μέχρι στιγμής σε επιθυμητά αποτελέσματα. Ως εκ τούτου, ακόμα και σήμερα, δεν υπάρχει μια ιδανική μέθοδος για τον αποδοτικό πληθυσμιακό έλεγχο και την αποτελεσματική διαχείριση των γυναικών με παθολογικό screening τραχήλου. Ένα σημαντικό ποσοστό χαμηλόβαθμων κυτταρολογικών αλλοιώσεων (ASCUS ή LSIL) υποκρύπτει υψηλόβαθμες τραχηλικές ενδοεπιθηλιακές νεοπλασίες (CIN2/3). Οι γυναίκες αυτές βρίσκονται σε πραγματικό κίνδυνο ανάπτυξης CxCa. Η επικρατούσα πρακτική ορίζει ότι τα περιστατικά με χαμηλόβαθμες αλλοιώσεις τίθενται υπό συστηματική παρακολούθηση, καθώς το μεγαλύτερο ποσοστό αυτών υποστρέφει, ενώ μόνο τα περιστατικά με υψηλόβαθμες αλλοιώσεις ή καρκίνο (CIN2+) απαιτούν άμεση θεραπεία. Σήμερα, οι ευρέως αποδεκτές επιλογές στη διαχείριση των ASCUS/LSIL είναι είτε η άμεση παραπομπή σε κολποσκόπηση, είτε η συστηματική παρακολούθηση με Παπ τεστ. Η πολιτική της άμεσης παραπομπής μπορεί να οδηγήσει σε υπερφόρτωση των κλινικών κολποσκόπησης, καθώς και σε περιττές θεραπείες λόγω ανεπαίσθητων κολποσκοπικών ευρημάτων. Από την άλλη πλευρά, η πολιτική του επαναλαμβανόμενου Παπ τεστ εμπεριέχει τον κίνδυνο να μην εντοπιστεί μια υψηλού βαθμού αλλοίωση, ενώ αυξάνει το ψυχολογικό φορτίο των γυναικών, τα ποσοστά μη συμμόρφωσης, και το κόστος των οργανωμένων προγραμμάτων προσυμπτωματικού ελέγχου. Σκοπός της παρούσας διδακτορικής διατριβής είναι η ανάπτυξη αλγορίθμων υπολογιστικής νοημοσύνης και ευφυών συστημάτων εκτίμησης κινδύνου και υποστήριξης κλινικής απόφασης (CDSS) για την εξατομικευμένη διαχείριση γυναικών με παθολογία τραχήλου και την έγκαιρη και έγκυρη ανίχνευση αυτών που βρίσκονται σε κίνδυνο ανάπτυξης CxCa. Η διατριβή βασίστηκε σε έναν πληθυσμό παραπομπής σε κολποσκόπηση 740 γυναικών, για τις οποίες υπήρχαν διαθέσιμα τα αποτελέσματα των πέντε σημαντικότερων και πιο ευρέως χρησιμοποιούμενων δοκιμασιών για τον CxCa (ThinPrep Παπ τεστ, HPV DNA full genotyping test, HPV E6/E7 mRNA 5-type genotyping test, HR-HPV E6/E7 mRNA test και p16INK4a), καθώς και το αποτέλεσμα της ιστολογικής εξέτασης. Για την ανάλυση και επεξεργασία των δεδομένων αναπτύχθηκε και δοκιμάστηκε πληθώρα αλγορίθμων υπολογιστικής νοημοσύνης, όπως τεχνητά νευρωνικά δίκτυα, Μπεϋζιανά δίκτυα, τυχαία δάση, γενετικοί αλγόριθμοι, καθώς και εξελιγμένες τεχνικές επιλογής χαρακτηριστικών και εξόρυξης γνώσης. Η εργασία αυτή οδήγησε στην κατασκευή διαφόρων ευφυών μοντέλων, τα οποία μέσω του συνδυασμού των αποτελεσμάτων των δοκιμασιών έχουν τη δυνατότητα να παρέχουν στους κλινικούς ιατρούς προβλέψεις για τη διαγνωστική έκβαση και να προσδιορίζουν με υψηλή ακρίβεια τις γυναίκες που βρίσκονται σε πραγματικό κίνδυνο ανάπτυξης καρκίνου. Συνδυάζοντας τις πέντε προαναφερόμενες δοκιμασίες, το CDSS Τεχνητών Νευρωνικών Δικτύων παρουσίασε σημαντικά υψηλότερη απόδοση συγκριτικά με τις υπό μελέτη δοκιμασίες στην ανίχνευση CIN2+, ενώ ταυτόχρονα κατάφερε να προσδιορίσει με μεγάλη ακρίβεια την πραγματική κατάσταση κάθε γυναίκας. Το CDSS Σταθμισμένων Τυχαίων Δασών έχει τη δυνατότητα εξαγωγής αποτελεσμάτων για οποιονδήποτε συνδυασμό των προαναφερόμενων δοκιμασιών, ενώ ταυτόχρονα εξάγει την εκτίμηση του κινδύνου παρουσίας προκαρκινικών αλλοιώσεων και ανάπτυξης CxCa. Επιπροσθέτως, αναπτύχθηκε ένα καινοτόμο πλαίσιο υβριδικών γενετικών αλγορίθμων, ονομαζόμενο Μήτρες Γενετικών Αλγορίθμων (ΜΓΑ), το οποίο στοχεύει στην εύρεση της ολικά βέλτιστης λύσης ενός προβλήματος ταξινόμησης, δηλαδή στην ταυτόχρονη εύρεση του βέλτιστου μοντέλου ταξινόμησης, των βέλτιστων παραμέτρων αυτού και του βέλτιστου διανύσματος χαρακτηριστικών. Εφαρμόζοντας ένα σύνολο οκτώ μητρών διαφορετικών ταξινομητών, εξήχθη ένα βέλτιστο μοντέλο ταξινόμησης, το οποίο παρουσιάζει ταυτόχρονα υψηλή ευαισθησία (88.9%), υψηλή ειδικότητα (93.5%), υψηλή θετική προγνωστική αξία (80%) και υψηλή αρνητική προγνωστική αξία (96.8%) στην ανίχνευση CIN2+. Η υψηλή και ισορροπημένη απόδοση του μοντέλου σε συνδυασμό με τη δυνατότητα εξαγωγής εκτιμήσεων κινδύνου για CIN2+ και επεξεργασίας περιστατικών με ελλιπή αποτελέσματα εξετάσεων, το καθιστούν ως ένα σύστημα που μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τη βέλτιστη εξατομικευμένη διαχείριση γυναικών με παθολογικό screening τραχήλου. Επίσης, διερευνήθηκε η χρησιμότητα δεδομένων τρόπου ζωής (lifestyle). Μέσω της εφαρμογής του πλαισίου ΜΓΑ, κατασκευάστηκε ένα ευφυές μοντέλο το οποίο συνδυάζει δεδομένα κυτταρολογίας, HPV DNA και lifestyle. Το συγκεκριμένο μοντέλο επέδειξε υψηλότερη απόδοση στην ανίχνευση CIN2+ συγκριτικά με τις χρησιμοποιούμενες δοκιμασίες. Πέρα από την ανάπτυξη των ευφυών μοντέλων, η ανάλυση των δεδομένων με χρήση τεχνικών εξόρυξης γνώσης οδήγησε σε νέα γνώση επί των συσχετίσεων και της σημαντικότητας των δοκιμασιών στην ανίχνευση CIN2+. Μέσω της εφαρμογής Μπεϋζιανής Συμπερασματολογίας αξιολογήθηκαν διάφορες συνδυαστικές προσεγγίσεις των δοκιμασιών, οδηγώντας στην εύρεση μιας βέλτιστης στρατηγικής διαχείρισης γυναικών με παθολογικό screening τραχήλου. Η εργασία αυτή οδήγησε επίσης στην εισαγωγή ενός νέου μέτρου αξιολόγησης: την ευρωστία των ιατρικών δοκιμασιών. Τέλος, κατασκευάστηκε μια διαδικτυακή πλατφόρμα, η οποία ενσωματώνοντας τα ευφυή μοντέλα λειτουργεί ως ένα ολοκληρωμένο διαδικτυακό CDSS για τον CxCa (CxCaDSS). Μέσω της εξαγωγής εκτιμήσεων κινδύνου, τα ευφυή μοντέλα μπορούν να υποστηρίξουν τους κλινικούς ιατρούς στην έγκαιρη ανίχνευση, παρακολούθηση και εξατομικευμένη διαχείριση γυναικών που βρίσκονται σε κίνδυνο υπόκρυψης, ανάπτυξης ή υποτροπής CIN2+. Με τον τρόπο αυτό, τα παρουσιαζόμενα συστήματα αποσκοπούν στη βελτίωση της πρόληψης, στην υποστήριξη της παρακολούθησης και θεραπείας γυναικών με υπόνοια CIN2+, καθώς και στην υποστήριξη λήψης απόφασης στο στάδιο της παρακολούθησης μετά από θεραπεία.

The evaluation of human papillomavirus DNA testing in primary screening for cervical lesions in a large Japanese population

2006 ◽  
Vol 16 (3) ◽  
pp. 1007-1013 ◽  
Author(s):  
M. Inoue ◽  
J. Sakaguchi ◽  
T. Sasagawa ◽  
M. Tango
Keyword(s):  
Human Papillomavirus ◽  
High Risk ◽  
Single Type ◽  
Dna Testing ◽  
Cervical Lesions ◽  
Papanicolaou Test ◽  
Histologic Diagnosis ◽  
Hpv Dna ◽  
Hpv Dna Testing ◽  
High Risk Hpv

To examine the utility of human papillomavirus (HPV) DNA testing for the screening of cervical cancer and its precursors, a prospective cohort study was performed in which a total of 8156 women with a median age of 36 years were enrolled. Two smear samples scraped from the uterine cervix were served for Papanicolaou test and HPV DNA testing (Hybrid Capture-II system). HPV-positive samples were further examined for HPV subtype using a DNA microarry chip. Women with cytologic abnormality or those with high-risk HPV DNA were further examined by colposcopy to determine histologic diagnosis. High-risk HPV DNA was detected in 11% of the general population, with higher prevalence of specific types, including 52, 16, 58, 51, 56, and 18. As expected, younger women were likely to have increased frequency of HPV infection. Notably, HPV DNA testing detected all 45 cases of cervical intraepithelial neoplasia (CIN) 3, while cytologic findings were negative in 6 of these cases. It is of particular interest that CIN was commonly associated with multiple HPV types, while invasive cancers had a single type of HPV. In terms of both sensitivity and positive predictive value in detecting the CIN, HPV DNA testing is superior to cytology. However, most importantly, HPV DNA testing in combination with cytology significantly improved the efficacy to CIN screening.

Protecting high-risk oncology patients during the pandemic of COVID-19 by creating an outpatient cancer clinic for febrile neutropenia (California clinic).

2020 ◽  
Vol 38 (29_suppl) ◽  
pp. 191-191
Author(s):  
Manidhar Reddy Lekkala ◽  
Mohammad Abedi ◽  
Tammy Clarke ◽  
Bahar Moftakhar ◽  
Arpan Patel
Keyword(s):  
High Risk ◽  
Febrile Neutropenia ◽  
Cancer Patients ◽  
Case Fatality ◽  
Cancer Center ◽  
High Risk Population ◽  
Oncology Patients ◽  
Number Of Patients ◽  
The Social ◽  
Rule Out

191 Background: Delivering care for vulnerable cancer patients during a pandemic is challenging given the competing risks of death from cancer versus the high case fatality rates from SARS-COV-2 (CV-19). Data currently available suggests a total fatality rate close to 30%-50% with CV-19 in active malignancy patients. In addition to adapting guidelines from national organizations to reduce the social footprint of patients in order to minimize risk of exposure of CV-19, our cancer center implemented an isolated clinic with personal protective equipment (PPE) and direct access to a CV-19 rule out floor (if admission warranted) in order to manage those with febrile neutropenia (FN) who otherwise would have been triaged to the emergency room (ED). Methods: We implemented an outpatient isolated extended hour clinic with access to PPE, blood work, intravenous antibiotics and fluids for FN patients as a pilot project from mid-April with expected duration during the pandemic with the aim to decrease the ED admissions for FN by 50%. We used the Multinational Association of Support Care in Cancer (MASCC) validated tool to assist with outpatient versus inpatient management of these patients. All patients were screened via polymerase chain reaction nasal swab for CV-19 to identify CV-19 in a high-risk population. Our PDSA (Plan Do Study Act) cycles have been in 2-week sessions with constant re-education to multiple providers. Results: Prior to CV-19, our databases show an approximate 15 to 20 FN hematology and oncology patients per month who are triaged to ED during the business hours. Since the implementation of our clinic in the last 45 days, we have screened 8 patients, of which 2 were discharged home with oral antibiotics on isolation until CV-19 testing returned, 6 were directly admitted to CV-19 rule out floor avoiding ED. Our overall patient numbers were low during the peak of the pandemic and we expect to see increasing number of patients utilizing the clinic over the next few months. Conclusions: Implementing the California clinic has thus far successfully decreased the social footprint of our highest-risk cancer patients, those with FN, in hopes of decreasing their possible exposure to CV-19 as well as the unnecessary exposure of the clinical personnel. [Table: see text]

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document