Maluku merupakan salah satu daerah di timur Indonesia yang memiliki potensi tsunami yang cukup tinggi, ini dibuktikan dengan lebih dari 25 kejadian tsunami yang terekam di daerah Maluku dari tahun 1629 – 2006 (katalog database tsunami online Gusiakov (2005), Puspito (2007) dan Katalog Gempa Merusak dan Tsunami BMKG), tsunami yang terbesar terjadi pada tanggal 17 Pebruari 1674 yang menewaskan lebih dari 2900 orang dengan run-up hingga mencapai 80 meter dan menghancurkan kota Ambon dan juga pada tanggal 12 Oktober 1899 yang menenggelamkan kota Amahai di Pulau Seram dengan korban tewas mencapai 4000 orang. Oleh karena itu perlu dilakukan pembuatan skenario tsunami untuk mendapatkan kemungkinan tinggi run-up yang bersumber di daerah perairan Maluku dengan menggunakan software Tsunami L-2008. Berdasarkan Katalog Gempabumi Signifikan dan Merusak 1821 – 2009 yang dikeluarkan BMKG, bahwa pada tanggal 28 Januari 2004 telah terjadi gempabumi di Maluku mengakibatkan tsunami yang terobservasi di Namlea, dengan epicenter 3,110 LS – 127,300 BT dengan kekuatan Mw = 6,6 SR. Dalam pembuatan skenario tsunami dalam penelitian ini dengan merubah nilai magnituda gempabumi (Mw=7,0 SR, Mw=7,5 SR. Mw=8,0 SR) berdasarkan referensi setelah itu menggunakan hubungan rumusan empiris dari Hanks and Kanamori untuk mendapatkan nilai slip (m) sekaligus membuat beberapa kombinasi skenario tsunamidengan mempertahankan nilai momen seismik dan merubah nilai luas fault dan slip (m), untuk momen seismik didapatkan berdasarkan rumusan empiris dari Wells and Coppersmith (1994) sedangkan untuk luas fault berdasarkan rumusan empiris dari Papazachos et al (2004) dengan mengasumsikan bahwa luas fault berbentuk persegi panjang. Dari sebelas skenario tsunami yang dibuat dari setiap magnituda gempabumi diperoleh tinggi run-up tertinggi untuk Mw=7,0 SR yaitu dengan tinggi 0,59 m di daerah Huamual sedangkan terendah di daerah Latuhalat dengan tinggi run-up 0,09 m, untuk Mw = 7,5 SR diperoleh tinggi run-up tertinggi mencapai 2,73 m di Huamual dan terendah 0,36 di Latuhalat, dan untuk Mw = 8,0 SR didapatkan tinggi run-up tertinggi hingga 8,19 m di Huamual dan terendah di Latuhalat dengan tinggi run-up 0,94 m.