Se realizó la calidad microbiológica del agua (CMA) de cuatro lagos cráter, Alchichica (ALCHI), Atexcac (ATx), La Preciosa (LPr) y Quechulac (QUE), de manera mensual durante un año. Se utilizaron protocolos para estimar coliformes totales (CT), coliformes fecales (CF), enterococos (ENT), E. coli, (E.coli +Rodococcus) y Clostridium perfringers. Se detectó a E. coli. en QUE, el más contaminado, seguido por ALCHI y LPr. El pH, OD y temperatura no variaron en el estudio. La salinidad fluctuó de 0 a 10.0 mgL-1. Utilizando la asociación con Rodococcus se estableció que ATx, LPr y ALCHI presentaron contaminación derivada del ganado, mientras QUE presentó contaminación fecal de origen humano. E. coli no subsiste en los Axalapascos, por lo que es alóctono al sistema y oportunista por las descargas fecales del ganado circundante debido a malas prácticas agropecuarias. Los niveles de contaminación microbiológica en los lagos cráter, superan la normatividad vigente para uso humano, agropecuario, de turismo.