Igual que su maestro, John Duns Escoto, Antoni Andreu no fue un naturalista, ni siquiera para los estándares de su época. Sin embargo, reconoció la importancia de la filosofía natural en el sistema de conocimiento aristotélico, que era el fundamento de la cosmovisión premoderna. Consecuentemente, abordó los problemas relacionados con las sustancias naturales en algunas de sus obras, sobre todo en sus Quaestiones de tribus principiis naturae, pero también en los comentarios sobre la Metafísica y las Categorías de Aristóteles y, ocasionalmente, en la Abbreviatio Operis Oxoniensis. Estos problemas incluyen la cuestión del sujeto de la física, los procesos físicos, con una atención especial a los procesos de generación y de corrupción, y las características de los cuerpos que son objeto de dichos procesos.