Berbagai tantangan yang dihadapi pesantren, khususnya terkait dengan pengembangan kajian keilmuan dalam rangka menjawab persoalan-persoalan kontemporer umat Islam di Indonesia. Isu HAM, Gender, dan dan nasionalisme, misalnya, menjadi tantang besar bagi kalangan pesantren untuk menjawab dan emmcahkan problem kebangsaan tersebut. Namun, jika pesantren hanya mengandalkan literatur kitab klasik apalagi dengan metodologi pengkajian yang bersifat tradisional sebagaimana yang selama ini dikembangkan, maka persoalan-persoalan di atas tidak terjawab dengan baik. Kajian keilmuan di pesantren harus lebih memberikan porsi besar bagi pengembangan kajian keislaman dengan corak burhani. Demokrasi hanya bisa tegak dengan berlakunya supremasi hukum. Hukum memiliki logika dan rasionalitas-nya, yang itu bisa dikembangkan dengan mengkaji lebih banyak ushul fiqh dan manthiq. Dengan mensinergiskan tiga nalar, bayani, burhani, dan irfani, pesantren akan mampu menghadapi tuntutan zaman. Untuk itu, pesantren perlu merumuskan kurikulum kajian keislaman secara lebih serius dan sistematis dengan memepertimbangkan porsi masing-masing nalar tersebut.
The various challenges faced by pesantren, especially those related to the development of scientific studies in the context of answering contemporary problems of Muslims in Indonesia. The issues of human rights (HAM), gender, and nationalism, for example, are a big challenge for pesantren to answer and solve this national problem. However, if the pesantren only relies on classical literature, let alone the traditional methodology of study as it has been developed, then the above problems will not be answered properly. Scientific studies in Islamic boarding schools should provide a greater portion for the development of Islamic studies with a burhani style. Democracy can only be upheld by the enactment of the rule of law. Law has its logic and rationality, which can be developed by studying more ushul fiqh and manthiq. By synergizing the three reasons, bayani, burhani, and irfani, pesantren will be able to face the demands of the times. For this reason, Islamic boarding schools need to formulate a more serious and systematic curriculum for Islamic studies by considering the respective portions of reasoning.